Для подключения JS и CSS в шаблонах и плагинах обязательно используйте функцию mgAddMeta(),
для того чтобы подключаемые скрипы учитывались при формировании HTML страниц шаблона и участвовали в алгоритмах движка.
При таком подключении, независимо от того в каком месте программы сторонние скрипты будут объявлены, их можно будет вывести в нужное место верстки шаблона. Например, в теге <head> или перед закрываюшим тегом </body>
Опция для сжатия CSS и JS в один файл, предустморенная в настройках движка учитывает только файлы подключаемые с помощью mgAddMeta().
Чтобы использовать самописные php скрипты для обработки тех или иных событий в moguta.cms, можно создать php файл в папке mg-pages
Поместите в папку mg-pages скрипт myscript.php, после этого он будет доступен при обращении к сайту http://site.ru/myscript как будто он находится в корне сайта.
Чтобы использовать PHP скрипты напрямую из корня сайта, минуя работу движка, необходимо добавить иключающие правила для используемых php скриптов в файле .htaccess после строки #RewriteBase / .