Если в шаблон вносились доработки или шорткоды плагинов, то при обновлении шаблона все файлы и изменения в коде перезаписываются на актуальные файлы свежей версии.
Из-за этого не всегда можно легко обновить шаблон, и на самом деле лучше не обновлять лишний раз, если вас все устраивает на сайте.
Но бывает в свежих версиях шаблона исправляются действительно критичные баги, которые хотелось бы исправить и на своем модифицированном шаблоне.
Для решения этой задачи потребуется программа сравнивающая обе версии шаблона.
Например, можно использовать программу: Meld
В видео показан пример сравнения файлов шаблона и обновление шаблона.